La cittadina ha le proprie origini radicate nel Medioevo quando ancora costituiva un centro privo di ogni importanza strategica; passato al dominio dei Visconti intorno al Quattrocento, il paese assunse per la prima volta il nome di Garbagnate Milanese grazie alla deliberazione del Re Vittorio Emanuele II, e il suo territorio cominciò ad essere suddiviso tra privati che sfruttavano l'operato di contadini causando miseria e malattie. Contemporaneamente alla rivoluzione francese vennero soppressi i feudi e il Comune venne assegnato al Distretto di Bollate, mentre il secolo successivo si connotò per la costruzione della ferrovia Nord Milano-Saronno e della prima tramvia a vapore.

Elementi che incrementarono lo sviluppo industriale del Comune e del settore terziario, seppure quello agricolo rimanesse fondamentale per la crescita della cittadina.

Alla metà del Novecento si assiste di pari passo allo sviluppo di due industrie, quella dei calzaturifici e le fornaci, e alla costruzione di nuovi edifici e quartieri.